Joseph Pistone adalah seorang agen FBI yang lahir di Erie, Pennsylvania pada tahun 1939. Dia terkenal karena menyamar di Keluarga Kejahatan Bonanno atas nama FBI. FBI tidak pernah memiliki agen yang menyamar untuk menyusup ke salah satu dari Lima Keluarga terkenal di New York sampai Pistone.

Sebelum menyamar, Pistone dikirim ke sebuah sekolah untuk belajar tentang permata berharga dan diberi nama samaran Donnie Brasco Dia akan pergi ke bar-bar lokal hampir setiap malam, berharap seorang anggota mafia lokal akan bertemu dengannya dan menerimanya sebagai anggota Keluarga Bonanno. Setelah pergi ke bar yang sering dikunjungi Keluarga Bonanno, seorang istri mafia lokal mencoba menggoda Pistone. Dia dengan sopan menolak rayuannya dan mengatakan kepadabartender "dia mendekati saya." Ini adalah tanda bagi bartender bahwa Pistone memahami kode mafia dan tidak akan mencoba untuk merayu istri mafia.

Kemudian, Pistone didekati oleh seorang pria bernama Benjamin "Lefty" Ruggiero Pistone membuatnya terkesan dengan berlian yang diperolehnya dari ruang barang bukti FBI dan pemahamannya tentang permata tersebut. Tak lama kemudian, "Lefty" menjadikan Donnie Brasco sebagai rekan bisnis barunya.

Sebagai rekan Keluarga Bonanno, Donnie Brasco (Pistone) diperintahkan untuk melakukan empat pembunuhan untuk "Lefty." FBI membantu Pistone melakukan pembunuhan tersebut dan biasanya hanya menangkap orang-orang tersebut dan merahasiakan nama mereka di koran agar terlihat seolah-olah Pistone yang membunuh mereka. Namun tak lama kemudian Carmine Galante (kepala keluarga Bananno) dieksekusi pada tanggal 12 Juli 1979 dan perang pun pecah di antara para Capo yang saling bersaing di dalam keluarga.

Perang meningkat dalam dua tahun berikutnya karena dua Capo lokal, Dominick Napolitano dan "Lefty" Ruggiero, membunuh tiga pemimpin tertinggi dalam Keluarga Bonanno. Akhirnya untuk menjadi "made man" (kehormatan tertinggi dalam mafia) "Lefty" mengatakan kepada Pistone bahwa dia harus membunuh Anthony Indelicato Ketika Pistone memberi tahu FBI bahwa ia perlu melakukan pembunuhan ini, mereka menolak untuk melanjutkan operasi dan menarik Pistone dari tugas penyamaran.

FBI telah mengumpulkan informasi yang cukup dari penyadapan kawat dan percakapan antara Pistone dan anggota mafia sehingga mereka dapat menangkap dan menghukum lebih dari 100 rekan dan mafia lokal. Komisi mafia memutuskan untuk mengeluarkan perintah pembunuhan terhadap Joseph Pistone sebesar setengah juta dolar karena dia adalah agen FBI yang sedang menyamar. Komisi tersebut juga memerintahkan kematian Napolitano danRuggiero karena membiarkan Pistone menyusup ke dalam mafia dan memberinya begitu banyak informasi. Napolitano dikutip mengatakan, "Saya tidak memiliki niat buruk terhadap Brasco, saya mencintai anak itu," sesaat sebelum dia dibunuh pada 17 Agustus 1981. Ruggiero sedang dalam perjalanan untuk bertemu Capos lokal ketika dia ditangkap oleh FBI. Jika dia tidak ditangkap, dia akan menjalani eksekusinya sendiri.

Sebagai hasil dari Operasi Donnie Brasco, Joseph Pistone, istrinya, dan ketiga putrinya kini tinggal dengan nama palsu di sebuah lokasi yang dirahasiakan di bawah perlindungan FBI. Komisi tersebut kini telah membuat peraturan baru yang menentukan siapa saja yang bisa bergabung dengan mafia tersebut. Para anggota baru harus membunuh seseorang di depan dua orang yang telah ditunjuk dan dua anggota keluarga harus menjamin bahwa mereka akan mengorbankan nyawa mereka sendiri.