Clinton Truman Duffy rođen je 4. avgusta 1898. godine u gradu San Quentin. Njegov otac je bio čuvar u zatvoru San Quentin od 1894. Duffy je išao u Gimnaziju San Quentin i završio srednjoškolsko obrazovanje u srednjoj školi San Rafael. Tokom ovih školskih godina, imao je dugu vezu sa Gladys Carpenter čiji je otac bio kapetan brodogradilišta. U decembru 1921. njih dvoje su se vjenčali.

Tokom Prvog svjetskog rata, Duffy je služio u marinci. Kada je otpušten, radio je za Northwestern Pacific Railroad i nakon toga u građevinskoj kompaniji. Kasnije je čak postao i javni beležnik. Godine 1929. Duffy je morao otići u upravnikov ured u zatvoru San Quentin kako bi dobio dokument ovjeren kod notara. Dok je bio tamo, čuo je kako upravnik Holohan kaže da mu treba pomoćnik. Duffy je ovo iskoristio kao priliku da iskoristi priliku da tamo dobije posao. Upravitelj mu je rekao da ako želi posao, može ga dobiti. Naporno je radio za upravnika Holohana i oslobodio ga mnogih zamornih dužnosti.

Godine 1935. upravnik Holohan je zamalo ubijen tokom bekstva iz zatvora. Nekoliko zatvorenika je dobilo pristup oružju i otišlo je u upravnikov dom dok su on i zatvorska uprava ručali. Zatvorenici su pretukli Holohana bez svijesti i uzeli za taoce Zatvorski odbor. Sa članovima uprave kao taocima, zatvorenicima je dozvoljeno da prođu kroz zatvorske kapije.

Ubrzo nakon togaincident, upravnik Holohan je otišao u penziju i zamijenjen je upravnikom u zatvoru Folsom, Court Smith. Smith je imao svog pomoćnika u zatvoru Folsom i želio ga je dovesti sa sobom u San Quentin. Pošto više nije bio potreban kao upravnikov pomoćnik, Duffy je premješten u Odbor za uslovni otpust kao pomoćnik Marka Noona, sekretara odbora zatvorskih direktora.

Za vrijeme Smithovog vremena kao upravnika, stvari u San Quentinu su se pokvarile ne popravljam. Bilo je nekoliko saslušanja o lošoj hrani, ubistvima i sveukupnoj brutalnosti prema zatvorenicima. Zbog velikog broja istraga, Smith je smijenjen. Zatvorski odbor je odlučio da, budući da je Duffy rođen i odrastao u San Quentinu i da ima preko 11 godina radnog iskustva u zatvorskoj administraciji, on zna nešto o upravljanju zatvorom. Ponudili su mu privremenu poziciju upravnika na 30 dana dok traže zamjenu. Bio je počašćen da ima ovu poziciju.

Tokom ove 30-dnevne funkcije upravnika, Duffy je učinio više od samo osiguravanja da zatvor ostane u funkciji. On je to vidio kao priliku da napravi razliku u načinu na koji su zatvorenici tretirani. Prva promjena koju je napravio bila je ukidanje svih oblika tjelesnog kažnjavanja. Čak je otpustio svo osoblje koje je tuklo zatvorenike i učestvovalo u izricanju tjelesnog kažnjavanja. Duffy je odradio tako sjajan posao kao upravnik da mu je Upravni odbor dao redovnu četverogodišnjuimenovanje.

Tokom svog imenovanja, Duffy je nastavio napredovati u zatvoru San Quentin. Odmah je počeo da radi na edukativnom programu za zatvorenike. Vjerovao je da im trebaju stvarni učitelji da dođu umjesto da zatvorenici uče jedni druge. Želio je osigurati da svaki od zatvorenika bude pušten bolji čovjek nego što je bio kada su tamo stigli.

U vrijeme dok je bio upravnik napravljeno je još nekoliko reformi. Duffy je promijenio tuševe zatvorenika iz morske u slatku vodu. Čak je prekinuo praksu brijanja glava zatvorenika i tjeranja ih da nose uniforme s brojevima. Duffy je također pokrenuo novi program ishrane u kafeteriji i unajmio dijetetičara.

Duffy je vjerovao da se zatvorenici mogu rehabilitirati i da prema njima treba postupati pošteno. Čak bi nenaoružan šetao po zatvorskom dvorištu i redovno razgovarao sa zatvorenicima. Njegovo osoblje nije moglo vjerovati kako mu je lako s ovim zatvorenicima. On bi se prema ovim ljudima ponašao pošteno, imajući na umu da je zatvor tu da kažnjava, ali i rehabilituje.

Duffy je u zatvoru napravio program stručnog usavršavanja i pustio zatvorenike da prodaju kaiševe i novčanike. Duffy je bio i prvi upravnik koji je dozvolio zatvorenicima da slušaju radio u svojim ćelijama. Duffy je čak osnovao i prvo zatvorsko odjeljenje Anonimnih alkoholičara. Njegova supruga Gladys je napravila nedeljni program za zatvorenike. Bila je poznata kao "mama" Duffyzatvorenike zbog njenih riječi mudrosti i ohrabrenja.

Nakon 11 godina kao upravnik, Duffy je predao San Quentin svom prvom pomoćniku, Harley Oliveru Teetsu. Duffy je nastavio raditi za Adult Authority, a kasnije je postao nacionalni predsjednik Fondacije Seven Steps. Ovaj program je kreirao bivši zatvorenik San Quentina, Bill Sands, kako bi pomogao bivšim osuđenicima nakon što izađu iz zatvora.

Clinton Truman Duffy je bio jedan od najcjenjenijih zatvorskih administratora u američkoj kaznenoj historiji zbog svog postignuća u zatvoru San Quentin. Duffy je napisao nekoliko knjiga o svojim iskustvima u zatvoru San Quentin i čak je u nekoliko navrata držao predavanja protiv smrtne kazne. Clinton Duffy je preminuo u 84. godini u Walnut Creeku u Kaliforniji.