Clinton Truman Duffy werd op 4 augustus 1898 geboren in de stad San Quentin. Zijn vader was sinds 1894 bewaker in de gevangenis van San Quentin. Duffy ging naar de San Quentin Grammar School en voltooide zijn middelbare schoolopleiding aan de San Rafael High School. Tijdens deze schooljaren had hij een lange relatie met Gladys Carpenter, wiens vader de kapitein van de Yard was. In december 1921 gingen de twee naar de gevangenis van San Quentin.getrouwd waren.

Tijdens de Eerste Wereldoorlog diende Duffy bij het Korps Mariniers. Toen hij werd ontslagen, werkte hij voor de Northwestern Pacific Railroad en daarna voor een bouwbedrijf. Later werd hij zelfs notaris. In 1929 moest Duffy naar het kantoor van de directeur in de San Quentin-gevangenis om een document notarieel te laten bekrachtigen. Daar hoorde hij directeur Holohan zeggen dat hij een assistent nodig had. Duffy vatte dit op als een teken dat hij een assistent nodig had.De directeur vertelde hem dat als hij de baan wilde, hij hem kon krijgen. Hij werkte hard voor directeur Holohan en ontlastte hem van veel vervelende taken.

In 1935 werd directeur Holohan bijna gedood tijdens een gevangenisuitbraak. Een aantal gevangenen had wapens bemachtigd en ging naar het huis van de directeur terwijl hij en de gevangenisdirectie aan het lunchen waren. De gevangenen sloegen Holohan bewusteloos en gijzelden de gevangenisdirectie. Met de directieleden als gijzelaars mochten de gevangenen door de gevangenishekken rijden.

Kort na dat incident ging directeur Holohan met pensioen en werd vervangen door de directeur van de Folsom gevangenis, Court Smith. Smith had zijn eigen assistent in de Folsom gevangenis en wilde hem meenemen naar San Quentin. Omdat hij niet langer nodig was als assistent van de directeur, werd Duffy overgeplaatst naar de reclassering als assistent van Mark Noon, secretaris van de raad van gevangenisdirecteuren.

In de tijd dat Smith directeur was, ging het er niet beter aan toe in San Quentin. Er waren verschillende hoorzittingen over slecht eten, moorden en algehele wreedheid tegen de gevangenen. Vanwege het grote aantal onderzoeken werd Smith ontslagen. De gevangenisdirectie besloot dat Duffy, die geboren en getogen was in San Quentin en meer dan 11 jaar werkervaring had in het gevangeniswezen, iets wist overZe boden hem een tijdelijke positie als directeur aan voor 30 dagen, terwijl ze een vervanger zochten. Hij was vereerd met deze positie.

Tijdens deze 30 dagen als directeur deed Duffy meer dan alleen zorgen dat de gevangenis operationeel bleef. Hij zag dit als een kans om een verschil te maken in de manier waarop gevangenen werden behandeld. De eerste verandering die hij doorvoerde was het afschaffen van alle vormen van lijfstraffen. Hij ontsloeg zelfs al het personeel dat gevangenen had geslagen en deelnam aan het uitdelen van lijfstraffen. Duffy deed zo'n goed werk alsdirecteur dat de Raad van Bestuur hem een vaste aanstelling van vier jaar gaf.

Tijdens zijn aanstelling ging Duffy door met het boeken van vooruitgang in de San Quentin gevangenis. Hij begon meteen te werken aan een educatief programma voor de gevangenen. Hij geloofde dat ze echte leraren nodig hadden in plaats van dat de gevangenen elkaar moesten onderwijzen. Hij wilde ervoor zorgen dat elke gevangene als een beter mens zou worden vrijgelaten dan toen ze daar aankwamen.

Duffy veranderde de douches van de gevangenen van zeewater in zoet water. Hij stopte zelfs met het scheren van het hoofd van de gevangenen en liet hen genummerde uniformen dragen. Duffy stelde ook een nieuw voedselprogramma op in de cafetaria en nam een diëtiste in dienst.

Duffy geloofde dat de gevangenen gerehabiliteerd konden worden en eerlijk behandeld moesten worden. Hij liep zelfs ongewapend over de binnenplaats van de gevangenis en praatte regelmatig met de gevangenen. Zijn personeel kon zijn gemak met deze gevangenen niet geloven. Hij behandelde deze mannen eerlijk terwijl hij in gedachten hield dat de gevangenis er was om te straffen maar ook om te rehabiliteren.

Duffy creëerde een beroepsopleidingsprogramma in de gevangenis en liet de gevangenen riemen en portefeuilles verkopen. Duffy was ook de eerste directeur die gevangenen toestond om in hun cel naar radio's te luisteren. Duffy richtte zelfs de eerste gevangenisafdeling van Anonieme Alcoholisten op. Zijn vrouw, Gladys, organiseerde een wekelijks programma voor de gevangenen. Ze stond bekend als "Mam" Duffy bij de gevangenen vanwege haar wijze woorden enaanmoediging.

Na 11 jaar als directeur droeg Duffy San Quentin over aan zijn eerste assistent, Harley Oliver Teets. Duffy ging werken voor de Volwassenen Autoriteit en werd later nationaal voorzitter van de Seven Steps Foundation. Dit programma was opgezet door een voormalige San Quentin-gevangene, Bill Sands, om ex-gevangenen te helpen nadat ze uit de gevangenis kwamen.

Clinton Truman Duffy was één van de meest bewonderde gevangenisbeheerders in de Amerikaanse strafgeschiedenis vanwege zijn prestaties in de San Quentin gevangenis. Duffy schreef verschillende boeken over zijn ervaringen in de San Quentin gevangenis en gaf zelfs meerdere lezingen tegen de doodstraf. Clinton Duffy overleed op 84-jarige leeftijd in Walnut Creek, Californië.