Clinton Truman Duffy 1898. augusztus 4-én született San Quentin városában. 1894 óta apja a San Quentin börtön őrzője volt. Duffy a San Quentin Gimnáziumba járt, középiskolai tanulmányait pedig a San Rafael Gimnáziumban fejezte be. Az iskolaévek alatt hosszú ideig kapcsolatban állt Gladys Carpenterrel, akinek az apja az udvar kapitánya volt. 1921 decemberében a kétösszeházasodtak.

Az első világháború alatt Duffy a tengerészgyalogságnál szolgált. Amikor leszerelt, a Northwestern Pacific Railroadnál, majd egy építőipari vállalatnál dolgozott. Később még közjegyző is lett. 1929-ben Duffynak a San Quentin börtön igazgatói irodájába kellett mennie, hogy közjegyzői okiratot hitelesítsen. Ott hallotta, hogy Holohan igazgató azt mondta, hogy szüksége van egy asszisztensre. Duffy ezt úgy vette, hogylehetőséget, hogy megragadja az esélyt, hogy munkát kapjon ott. Az igazgató azt mondta neki, hogy ha akarja az állást, megkaphatja. Keményen dolgozott Holohan igazgatónak, és sok fárasztó feladat alól felmentette őt.

1935-ben Holohan igazgatót majdnem megölték egy börtönszöktetés során. Több rab fegyverekhez jutott, és bementek az igazgató otthonába, miközben ő és a börtönigazgatóság ebédelt. A rabok eszméletlenre verték Holohant, és túszul ejtették a börtönigazgatóságot. A börtönigazgatóság tagjait túszul ejtve a rabok áthajthattak a börtönkapun.

Nem sokkal az eset után Holohan börtönigazgató nyugdíjba vonult, és helyére a Folsom börtön igazgatója, Court Smith került. Smith-nek a Folsom börtönben volt saját asszisztense, és magával akarta vinni a San Quentinbe. Mivel az igazgató asszisztenseként már nem volt rá szükség, Duffy-t áthelyezték a feltételes szabadlábra helyezési tanácshoz Mark Noon, a börtönigazgatói tanács titkárának asszisztensévé.

Smith igazgatósága alatt a San Quentinben nem javultak a dolgok. Több meghallgatás is volt a rossz ételekről, gyilkosságokról és a foglyokkal szembeni általános brutalitásról. A sok vizsgálat miatt Smith-t elbocsátották. A börtönigazgatóság úgy döntött, hogy mivel Duffy San Quentinben született és nőtt fel, és több mint 11 éves munkatapasztalattal rendelkezett a börtönigazgatásban, tudott valamit aFelajánlottak neki egy 30 napos ideiglenes igazgatói állást, amíg keresik az utódját. Megtiszteltetésnek vette ezt a pozíciót.

Ez alatt a 30 napos igazgatói pozíció alatt Duffy többet tett annál, hogy a börtön működőképes maradjon. Úgy látta, hogy ez egy lehetőség arra, hogy változtasson a rabokkal való bánásmódon. Az első változás, amit végrehajtott, az volt, hogy eltörölte a testi fenyítés minden formáját. Még az összes olyan alkalmazottat is kirúgta, aki verte a rabokat és részt vett a testi fenyítés kiosztásában. Duffy olyan nagyszerű munkát végzett mintigazgatót, hogy az igazgatótanács négy évre szóló rendes kinevezést adott neki.

Duffy kinevezése alatt tovább haladt a San Quentin börtönben. Azonnal elkezdett dolgozni egy oktatási programon a rabok számára. Úgy vélte, hogy valódi tanárokra van szükségük ahelyett, hogy a rabok egymást tanítanák. Biztosítani akarta, hogy minden egyes rab jobb emberként szabaduljon, mint amilyen volt, amikor odakerült.

Igazgatósága alatt számos más reformot is végrehajtottak. Duffy a rabok zuhanyzását tengervízről édesvízre cserélte. Még azt a gyakorlatot is beszüntette, hogy a rabok fejét leborotválják, és számozott egyenruhát kellett viselniük. Duffy új étkezési programot is bevezetett a büfében, és dietetikust alkalmazott.

Duffy hitt abban, hogy a rabok rehabilitálhatók, és tisztességesen kell bánni velük. Még a börtönudvaron is fegyvertelenül sétált végig, és rendszeresen beszélt a rabokkal. A személyzete nem hitte el, hogy milyen könnyedén bánik ezekkel a rabokkal. Igazságosan bánt ezekkel az emberekkel, miközben szem előtt tartotta, hogy a börtön a büntetés mellett a rehabilitációra is hivatott.

Duffy szakképzési programot hozott létre a börtönben, és megengedte a raboknak, hogy öveket és pénztárcákat áruljanak. Duffy volt az első igazgató, aki megengedte a raboknak, hogy rádiót hallgassanak a cellájukban. Duffy még az Anonim Alkoholisták első börtönbeli csoportját is megalapította. Felesége, Gladys heti programot szervezett a raboknak. A rabok "Duffy anyukaként" ismerték, mert bölcs szavai ésbátorítás.

11 év igazgatói munka után Duffy átadta a San Quentintint első asszisztensének, Harley Oliver Teetsnek. Duffy ezután a felnőttügyi hatóságnál dolgozott, később pedig a Seven Steps Foundation (Hét Lépés Alapítvány) országos elnöke lett. Ezt a programot egy volt San Quentin-i elítélt, Bill Sands hozta létre, hogy segítse a börtönből szabaduló volt elítélteket.

Clinton Truman Duffy a San Quentin börtönben elért eredményei miatt az Egyesült Államok büntetés-végrehajtásának egyik legjobban tisztelt börtönigazgatója volt. Duffy több könyvet is írt a San Quentin börtönben szerzett tapasztalatairól, sőt többször tartott előadást a halálbüntetés ellen. Clinton Duffy 84 éves korában hunyt el a kaliforniai Walnut Creekben.