Clinton Truman Duffy nacque il 4 agosto 1898 nella città di San Quentin. Suo padre era una guardia della prigione di San Quentin dal 1894. Duffy frequentò la San Quentin Grammar School e completò gli studi superiori alla San Rafael High School. Durante gli anni scolastici, ebbe una lunga relazione con Gladys Carpenter, il cui padre era il capitano del cortile. Nel dicembre del 1921, i dueerano sposati.

Durante la Prima Guerra Mondiale, Duffy prestò servizio nel Corpo dei Marines. Una volta congedato, lavorò per la Northwestern Pacific Railroad e, successivamente, per un'impresa di costruzioni. In seguito, divenne anche notaio. Nel 1929, Duffy dovette recarsi nell'ufficio del direttore della prigione di San Quintino per far autenticare un documento. Mentre si trovava lì, sentì il direttore Holohan dire che aveva bisogno di un assistente. Duffy prese la cosa comeIl direttore gli disse che se voleva il lavoro, poteva averlo. Lavorò duramente per il direttore Holohan e lo sollevò da molti compiti noiosi.

Nel 1935, il direttore Holohan fu quasi ucciso durante un'evasione. Diversi prigionieri avevano accesso alle armi e si recarono a casa del direttore mentre lui e il consiglio di amministrazione della prigione stavano pranzando. I prigionieri picchiarono Holohan fino a fargli perdere i sensi e presero in ostaggio il consiglio di amministrazione della prigione. Con i membri del consiglio di amministrazione come ostaggi, i prigionieri furono autorizzati ad attraversare i cancelli della prigione.

Poco dopo quell'incidente, il direttore Holohan andò in pensione e fu sostituito dal direttore della prigione di Folsom, Court Smith. Smith aveva un proprio assistente alla prigione di Folsom e volle portarlo con sé a San Quintino. Poiché non era più necessario come assistente del direttore, Duffy fu spostato al Parole Board come assistente di Mark Noon, segretario del Board of Prison Directors.

Durante il periodo in cui Smith fu direttore, la situazione a San Quintino non migliorò. Ci furono diverse udienze su cibo scadente, uccisioni e brutalità generale nei confronti dei prigionieri. A causa del gran numero di indagini, Smith fu licenziato. Il Consiglio penitenziario decise che, poiché Duffy era nato e cresciuto a San Quintino e aveva più di 11 anni di esperienza lavorativa nell'amministrazione penitenziaria, ne sapeva qualcosa.Gli hanno offerto un incarico temporaneo di 30 giorni come direttore, mentre cercavano un sostituto. È stato onorato di avere questo incarico.

Durante i 30 giorni di incarico come direttore, Duffy non si limitò a garantire l'operatività del carcere, ma vide l'opportunità di cambiare il modo in cui venivano trattati i detenuti. Il primo cambiamento che apportò fu l'eliminazione di tutte le forme di punizione corporale. Licenziò anche tutto il personale che aveva picchiato i detenuti e che aveva partecipato all'esecuzione di punizioni corporali. Duffy fece un lavoro così eccellente comeche il Consiglio di amministrazione gli ha conferito un regolare incarico quadriennale.

Durante il suo incarico, Duffy continuò a fare progressi nel carcere di San Quintino. Iniziò subito a lavorare a un programma educativo per i detenuti. Riteneva che avessero bisogno di insegnanti veri e propri, invece di far sì che i detenuti si insegnassero l'un l'altro. Voleva assicurarsi che ognuno dei detenuti venisse rilasciato come un uomo migliore di quello che era quando era arrivato.

Durante il suo incarico di direttore, Duffy ha cambiato le docce dei detenuti, passando dall'acqua di mare all'acqua dolce; ha anche interrotto la pratica di rasare la testa dei detenuti e di far loro indossare uniformi numerate; ha anche istituito un nuovo programma alimentare nella mensa e ha assunto un dietologo.

Duffy credeva che i detenuti potessero essere riabilitati e dovessero essere trattati in modo equo. Camminava persino per il cortile della prigione, disarmato, e parlava regolarmente con i detenuti. Il suo staff non riusciva a credere alla sua disinvoltura nei confronti dei prigionieri. Trattava questi uomini con equità, tenendo presente che la prigione era lì per punire ma anche per riabilitare.

Duffy creò un programma di formazione professionale nella prigione e permise ai detenuti di vendere cinture e portafogli. Duffy fu anche il primo direttore a permettere ai detenuti di ascoltare le radio nelle loro celle. Duffy istituì anche la prima sezione carceraria degli Alcolisti Anonimi. Sua moglie, Gladys, organizzò un programma settimanale per i detenuti. Era conosciuta come "mamma" Duffy dai detenuti per le sue parole di saggezza e per il suo comportamento.incoraggiamento.

Dopo 11 anni come direttore, Duffy ha ceduto San Quentin al suo primo assistente, Harley Oliver Teets. Duffy ha poi lavorato per l'Autorità per gli adulti e in seguito è diventato presidente nazionale della Fondazione Seven Steps, un programma creato da un ex detenuto di San Quentin, Bill Sands, per aiutare gli ex detenuti una volta usciti di prigione.

Clinton Truman Duffy è stato uno degli amministratori carcerari più ammirati della storia penale degli Stati Uniti grazie ai risultati ottenuti nel carcere di San Quintino. Duffy ha scritto diversi libri sulle sue esperienze nel carcere di San Quintino e ha anche tenuto diverse conferenze contro la pena capitale. Clinton Duffy è morto all'età di 84 anni a Walnut Creek, in California.