Clinton Truman Duffy syntyi 4. elokuuta 1898 San Quentinin kaupungissa. Hänen isänsä oli ollut vartijana San Quentinin vankilassa vuodesta 1894 lähtien. Duffy kävi San Quentinin lukiota ja suoritti lukio-opintonsa San Rafaelin lukiossa. Näiden kouluvuosien aikana hänellä oli pitkä suhde Gladys Carpenteriin, jonka isä oli telakan kapteeni. Joulukuussa 1921 nämä kaksiolivat naimisissa.

Ensimmäisen maailmansodan aikana Duffy palveli merijalkaväessä. Kun hän pääsi kotiutumaan, hän työskenteli ensin Northwestern Pacific Railroadilla ja sen jälkeen rakennusliikkeessä. Myöhemmin hänestä tuli jopa notaari. Vuonna 1929 Duffyn piti mennä San Quentinin vankilan johtajan toimistoon vahvistamaan eräs asiakirja. Siellä hän kuuli johtajan Holohanin sanovan, että hän tarvitsisi apulaista. Duffy otti tämän vastaan.tilaisuuden tarttua tilaisuuteen saada työpaikka siellä. Johtaja sanoi hänelle, että jos hän halusi työpaikan, hän sai sen. Hän työskenteli ahkerasti johtaja Holohanille ja vapautti hänet monista ikävistä tehtävistä.

Vuonna 1935 vankilanjohtaja Holohan oli vähällä kuolla vankilapakossa. Useat vangit olivat saaneet käsiinsä aseet ja menivät vankilanjohtajan kotiin, kun hän ja vankilajohtokunta olivat syömässä lounasta. Vangit hakkasivat Holohanin tajuttomaksi ja ottivat vankilajohtokunnan jäsenet panttivangeiksi. Johtokunnan jäsenet panttivankeina vankien annettiin ajaa vankilan porttien läpi.

Pian tuon tapauksen jälkeen vankilanjohtaja Holohan jäi eläkkeelle, ja hänen tilalleen tuli Folsomin vankilan johtaja Court Smith. Smithillä oli Folsomin vankilassa oma apulaisensa, ja hän halusi ottaa tämän mukaansa San Quentiniin. Koska häntä ei enää tarvittu vankilanjohtajan apulaisena, Duffy siirrettiin ehdonalaislautakuntaan vankilajohtajien neuvoston sihteerin Mark Noonin avustajaksi.

Smithin ollessa vankilanjohtajana asiat San Quentinissa eivät parantuneet. Oli useita kuulemisia huonosta ruoasta, tapoista ja yleisestä raakuudesta vankeja kohtaan. Tutkimusten suuren määrän vuoksi Smith erotettiin. Vankilalautakunta päätti, että koska Duffy oli syntynyt ja kasvanut San Quentinissa ja hänellä oli yli 11 vuoden työkokemus vankilahallinnosta, hän tiesi jotakin vankiloidenVankilan johto tarjosi hänelle 30 päivän väliaikaista johtajan paikkaa, kunnes hänelle löydetään uusi johtaja. Hän oli otettu tehtävästä.

Tämän 30 päivän aikana Duffy teki muutakin kuin vain varmisti, että vankila pysyi toimintakykyisenä. Hän näki tämän tilaisuutena muuttaa tapaa, jolla vankeja kohdeltiin. Ensimmäinen muutos, jonka hän teki, oli kaikkien ruumiillisten rangaistusten poistaminen. Hän jopa erotti koko henkilökunnan, joka oli hakannut vankeja ja osallistunut ruumiillisten rangaistusten jakamiseen. Duffy teki niin hienoa työtäjohtaja, että hallitus nimitti hänet säännöllisesti neljäksi vuodeksi.

Nimityksensä aikana Duffy jatkoi San Quentinin vankilassa tapahtuvaa edistystä. Hän aloitti heti työskentelyn vankien koulutusohjelman parissa. Hän uskoi, että he tarvitsivat oikeita opettajia sen sijaan, että vangit opettaisivat toisiaan. Hän halusi varmistaa, että jokainen vanki vapautuisi parempana ihmisenä kuin mitä hän oli sinne tullessaan.

Duffy teki useita muitakin uudistuksia vankilan johtajana ollessaan. Duffy muutti vankien suihkut merivedestä makeaan veteen. Hän lopetti jopa käytäntöä, jossa vankien päät ajeltiin ja heidät pakotettiin käyttämään numeroituja univormuja. Duffy otti myös käyttöön uuden ruokaohjelman kahvilassa ja palkkasi ravitsemusterapeutin.

Duffy uskoi, että vankeja voitiin kuntouttaa ja että heitä oli kohdeltava oikeudenmukaisesti. Hän jopa käveli vankilan pihalla aseettomana ja jutteli vankien kanssa säännöllisesti. Hänen henkilökuntansa ei voinut uskoa, miten leppoisasti hän suhtautui vankeihin. Hän kohteli näitä miehiä oikeudenmukaisesti pitäen samalla mielessä, että vankila oli olemassa rangaistusta mutta myös kuntoutusta varten.

Duffy loi vankilaan ammatillisen koulutusohjelman ja antoi vankien myydä vöitä ja lompakoita. Duffy oli myös ensimmäinen vankilanjohtaja, joka salli vankien kuunnella radiota selleissään. Duffy perusti jopa Anonyymien alkoholistien ensimmäisen vankilayhdistyksen. Hänen vaimonsa Gladys järjesti viikoittaista ohjelmaa vangeille. Vangit tunsivat hänet nimellä "Äiti" Duffy, koska hänen viisaat sanansa jarohkaisua.

Kun Duffy oli toiminut vankilanjohtajana 11 vuotta, hän luovutti San Quentinin vankilan ensimmäiselle apulaiselleen Harley Oliver Teetsille. Duffy jatkoi työtään aikuisviranomaisen palveluksessa, ja myöhemmin hänestä tuli Seven Steps -säätiön kansallinen puheenjohtaja. Tämän ohjelman perusti entinen San Quentinin vanki Bill Sands auttamaan entisiä vankeja vankilasta vapautumisen jälkeen.

Clinton Truman Duffy oli yksi Yhdysvaltain rangaistuslaitosten historian ihailluimmista vankilajohtajista San Quentinin vankilassa saavuttamiensa saavutusten vuoksi. Duffy kirjoitti useita kirjoja kokemuksistaan San Quentinin vankilassa ja jopa luennoi useaan otteeseen kuolemanrangaistusta vastaan. Clinton Duffy kuoli 84-vuotiaana Walnut Creekissä, Kaliforniassa.