Clinton Truman Duffy föddes den 4 augusti 1898 i staden San Quentin. Hans far hade varit vakt vid San Quentin-fängelset sedan 1894. Duffy gick i San Quentin Grammar School och avslutade sin gymnasieutbildning vid San Rafael High School. Under dessa skolår hade han ett långt förhållande med Gladys Carpenter vars far var kapten på gården. I december 1921 träffade de tvåvar gifta.

Under första världskriget tjänstgjorde Duffy i marinkåren. När han blev utskriven arbetade han för Northwestern Pacific Railroad och därefter för ett byggföretag. Senare blev han även notarius publicus. 1929 var Duffy tvungen att gå till direktörens kontor i San Quentin-fängelset för att få ett dokument attesterat. Där hörde han direktör Holohan säga att han behövde en assistent. Duffy tog detta somen möjlighet att ta chansen att få ett jobb där. Direktören sa till honom att om han ville ha jobbet så kunde han få det. Han arbetade hårt för direktör Holohan och avlastade honom från många tråkiga uppgifter.

År 1935 var fängelsedirektör Holohan nära att dödas under en rymning. Flera fångar hade fått tillgång till vapen och gick till fängelsedirektörens hem medan han och fängelseledningen åt lunch. Fångarna slog Holohan medvetslös och tog fängelseledningen som gisslan. Med ledamöterna som gisslan tilläts fångarna köra genom fängelsegrindarna.

Strax efter den incidenten gick fängelsedirektör Holohan i pension och ersattes av fängelsedirektören vid Folsom-fängelset, Court Smith. Smith hade sin egen assistent vid Folsom-fängelset och ville ta med honom till San Quentin. Eftersom han inte längre behövdes som fängelsedirektörens assistent flyttades Duffy upp till Parole Board som assistent till Mark Noon, sekreterare för Board of Prison Directors.

Under Smiths tid som fängelsedirektör blev situationen på San Quentin inte bättre. Det hölls flera förhör om dålig mat, mord och allmän brutalitet mot fångarna. På grund av det stora antalet utredningar avskedades Smith. Fängelsedirektionen beslutade att eftersom Duffy var född och uppvuxen på San Quentin och hade över 11 års erfarenhet av arbete inom fängelseadministration, visste han något omfängelseledningen. De erbjöd honom en 30-dagars tillfällig tjänst som direktör medan de letade efter en ersättare. Han var hedrad över att få denna tjänst.

Under sina 30 dagar som direktör gjorde Duffy mer än att bara se till att fängelset fungerade. Han såg detta som en möjlighet att göra skillnad i hur fångarna behandlades. Den första förändringen han gjorde var att ta bort alla former av kroppslig bestraffning. Han avskedade till och med all personal som hade slagit fångar och deltagit i utdelningen av kroppslig bestraffning. Duffy gjorde ett så bra jobb somatt styrelsen gav honom ett ordinarie förordnande på fyra år.

Under sin utnämning fortsatte Duffy att göra framsteg i San Quentin-fängelset. Han började omedelbart arbeta med ett utbildningsprogram för internerna. Han ansåg att de behövde riktiga lärare istället för att internerna skulle undervisa varandra. Han ville se till att alla interner skulle släppas ut som bättre människor än de var när de kom dit.

Flera andra reformer genomfördes under hans tid som fängelsedirektör. Duffy bytte ut fångarnas duschar från havsvatten till sötvatten. Han slutade även att raka fångarnas huvuden och tvingade dem att bära numrerade uniformer. Duffy införde också ett nytt matprogram i kafeterian och anställde en dietist.

Duffy ansåg att fångarna kunde rehabiliteras och att de borde behandlas rättvist. Han gick till och med omkring på fängelsegården obeväpnad och pratade regelbundet med fångarna. Hans personal kunde inte tro hur lätt han hade för att hantera fångarna. Han behandlade dessa män rättvist och kom samtidigt ihåg att fängelset fanns där för att straffa men också för att rehabilitera.

Duffy skapade ett yrkesutbildningsprogram på fängelset och lät fångarna sälja bälten och plånböcker. Duffy var också den första direktören som tillät fångarna att lyssna på radio i sina celler. Duffy grundade även den första fängelseavdelningen av Anonyma Alkoholister. Hans fru Gladys anordnade ett veckoprogram för fångarna. Hon var känd som "Mamma" Duffy bland fångarna på grund av sina visdomsord ochuppmuntran.

Efter 11 år som fängelsedirektör lämnade Duffy över San Quentin till sin första assistent, Harley Oliver Teets. Duffy fortsatte att arbeta för vuxenmyndigheten och blev senare nationell ordförande för Seven Steps Foundation. Detta program skapades av en tidigare intagen i San Quentin, Bill Sands, för att hjälpa före detta brottslingar efter att de släppts ut ur fängelset.

Clinton Truman Duffy var en av de mest beundrade fängelseadministratörerna i USA:s kriminalhistoria på grund av sina prestationer vid San Quentin-fängelset. Duffy skrev flera böcker om sina erfarenheter vid San Quentin-fängelset och föreläste även mot dödsstraff vid flera tillfällen. Clinton Duffy avled vid 84 års ålder i Walnut Creek, Kalifornien.