Clinton Truman Duffy rođen je 4. kolovoza 1898. u gradu San Quentinu. Njegov je otac bio čuvar u zatvoru San Quentin od 1894. Duffy je išao u gimnaziju San Quentin i završio srednjoškolsko obrazovanje u srednjoj školi San Rafael. Tijekom ovih školskih godina imao je dugu vezu s Gladys Carpenter čiji je otac bio kapetan brodogradilišta. U prosincu 1921. njih dvoje su se vjenčali.

Tijekom Prvog svjetskog rata, Duffy je služio u Marinskom korpusu. Kad je otpušten, radio je za Northwestern Pacific Railroad, a nakon toga u građevinskoj tvrtki. Kasnije je čak postao i javni bilježnik. Godine 1929. Duffy je morao otići u ured upravitelja u zatvoru San Quentin kako bi dobio dokument kod bilježnika. Dok je bio tamo, čuo je kako upravitelj Holohan govori da mu treba pomoćnik. Duffy je ovo iskoristio kao priliku da iskoristi priliku da tamo dobije posao. Upravitelj mu je rekao da ako želi posao, može ga dobiti. Naporno je radio za upravitelja Holohana i oslobodio ga mnogih zamornih dužnosti.

Godine 1935., upravitelj Holohan zamalo je ubijen tijekom bijega iz zatvora. Nekoliko zatvorenika je dobilo oružje i otišli su do upraviteljeve kuće dok su on i Zatvorski odbor ručali. Zatvorenici su pretukli Holohana do besvijesti i uzeli Upravu zatvora za taoca. S članovima odbora kao taocima, zatvorenicima je dopušteno da se provozaju kroz zatvorska vrata.

Ubrzo nakon togaincidenta, upravitelj Holohan je otišao u mirovinu i zamijenio ga je upravitelj zatvora Folsom, Court Smith. Smith je imao svog pomoćnika u zatvoru Folsom i htio ga je dovesti sa sobom u San Quentin. Budući da više nije bio potreban kao upraviteljev pomoćnik, Duffy je premješten u Povjerenstvo za uvjetni otpust kao pomoćnik Marka Noona, tajnika Upravnog odbora zatvora.

Dok je Smith bio upravitelj, stvari u San Quentinu nisu ne poboljšati. Bilo je nekoliko saslušanja o lošoj hrani, ubojstvima i općoj brutalnosti prema zatvorenicima. Zbog velikog broja istraga Smith je smijenjen. Zatvorski odbor odlučio je da je Duffy znao nešto o upravljanju zatvorom, budući da je rođen i odrastao u San Quentinu i imao više od 11 godina radnog iskustva u zatvorskoj upravi. Ponudili su mu 30-dnevno privremeno mjesto upravitelja dok traže zamjenu. Bila mu je čast što ima ovu poziciju.

Tijekom ove 30-dnevne pozicije upravitelja, Duffy je učinio više od pukog osiguravanja da zatvor ostane operativan. Vidio je to kao priliku da promijeni način na koji se postupa sa zatvorenicima. Prva promjena koju je napravio bila je uklanjanje svih oblika tjelesnog kažnjavanja. Čak je i otpustio svo osoblje koje je tuklo zatvorenike i sudjelovalo u tjelesnom kažnjavanju. Duffy je tako dobro obavljao posao upravitelja da mu je Upravni odbor dao redovitu četverogodišnju kaznuimenovanje.

Tijekom imenovanja, Duffy je nastavio napredovati u zatvoru San Quentin. Odmah je počeo raditi na obrazovnom programu za zatvorenike. Vjerovao je da im trebaju pravi učitelji umjesto da zatvorenici podučavaju jedni druge. Želio je osigurati da će svaki zatvorenik biti pušten bolji nego što je bio kad je tamo stigao.

Nekoliko drugih reformi napravljeno je tijekom njegova vremena dok je bio upravitelj. Duffy je promijenio tuševe zatvorenika iz morske u slatku vodu. Čak je prekinuo praksu brijanja glava zatvorenika i tjeranja da nose uniforme s brojevima. Duffy je također uveo novi program prehrane u kantini i zaposlio dijetetičara.

Duffy je vjerovao da se zatvorenici mogu rehabilitirati i da se prema njima treba ponašati pošteno. Čak bi hodao po zatvorskom dvorištu nenaoružan i redovito razgovarao sa zatvorenicima. Njegovo osoblje nije moglo vjerovati koliko mu je lako s ovim zatvorenicima. Postupao bi s tim ljudima pošteno, imajući na umu da je zatvor tu da kažnjava, ali i rehabilitira.

Duffy je stvorio program strukovnog osposobljavanja u zatvoru i dopustio je zatvorenicima da prodaju remene i novčanike. Duffy je također bio prvi upravitelj koji je zatvorenicima omogućio slušanje radija u ćelijama. Duffy je čak osnovao prvo zatvorsko odjeljenje Anonimnih alkoholičara. Njegova žena, Gladys, organizirala je tjedni program za zatvorenike. Bila je poznata kao "mama" Duffyzatvorenicima zbog njezinih riječi mudrosti i ohrabrenja.

Nakon 11 godina kao upravitelj, Duffy je predao San Quentin svom prvom pomoćniku, Harleyu Oliveru Teetsu. Duffy je nastavio raditi za Adult Authority, a kasnije je postao nacionalni predsjednik Zaklade Seven Steps. Ovaj program osmislio je bivši zatvorenik San Quentina, Bill Sands, kako bi pomogao bivšim osuđenicima nakon što izađu iz zatvora.

Clinton Truman Duffy bio je jedan od najcjenjenijih zatvorskih upravitelja u američkoj kaznenoj povijesti zbog svog postignuća u zatvoru San Quentin. Duffy je napisao nekoliko knjiga o svojim iskustvima u zatvoru San Quentin i čak je nekoliko puta držao predavanja protiv smrtne kazne. Clinton Duffy preminuo je u 84. godini života u Walnut Creeku u Kaliforniji.