Clinton Truman Duffy blev født den 4. august 1898 i byen San Quentin. Hans far havde været vagt i San Quentin-fængslet siden 1894. Duffy gik på San Quentin Grammar School og afsluttede sin high school-uddannelse på San Rafael High School. I løbet af disse skoleår havde han et langt forhold til Gladys Carpenter, hvis far var kaptajn på gården. I december 1921 blev de toblev gift.

Under Første Verdenskrig gjorde Duffy tjeneste i marinekorpset. Da han blev udskrevet, arbejdede han for Northwestern Pacific Railroad og derefter for et byggefirma. Senere blev han endda notar. I 1929 skulle Duffy hen på fængselsinspektørens kontor i San Quentin Prison for at få et dokument notarialbekræftet. Mens han var der, overhørte han fængselsinspektør Holohan sige, at han havde brug for en assistent. Duffy opfattede dette somInspektøren sagde til ham, at hvis han ville have jobbet, kunne han få det. Han arbejdede hårdt for inspektør Holohan og afløste ham for mange kedelige opgaver.

I 1935 blev fængselsinspektør Holohan næsten dræbt under en fangeflugt. Flere fanger havde fået adgang til våben og gik ind i fængselsinspektørens hjem, mens han og fængselsbestyrelsen spiste frokost. Fangerne slog Holohan bevidstløs og tog fængselsbestyrelsen som gidsler. Med bestyrelsesmedlemmerne som gidsler fik fangerne lov til at køre gennem fængslets porte.

Kort efter denne hændelse gik fængselsinspektør Holohan på pension og blev erstattet af fængselsinspektøren i Folsom Prison, Court Smith. Smith havde sin egen assistent i Folsom Prison og ønskede at tage ham med til San Quentin. Da der ikke længere var brug for ham som fængselsinspektørens assistent, blev Duffy rykket op i prøveløsladelsesnævnet som assistent for Mark Noon, sekretær for fængselsdirektøren.

Under Smiths tid som fængselsinspektør blev tingene på San Quentin ikke bedre. Der var flere høringer om dårlig mad, drab og generel brutalitet over for fangerne. På grund af det store antal undersøgelser blev Smith afskediget. Fængselsbestyrelsen besluttede, at eftersom Duffy var født og opvokset i San Quentin og havde over 11 års arbejdserfaring inden for fængselsadministration, vidste han noget omDe tilbød ham en 30-dages midlertidig stilling som fængselsinspektør, mens de ledte efter en afløser. Han var beæret over at få denne stilling.

I løbet af sine 30 dage som fængselsinspektør gjorde Duffy mere end bare at sørge for, at fængslet fungerede. Han så det som en mulighed for at gøre en forskel i den måde, fangerne blev behandlet på. Den første ændring, han foretog, var at fjerne alle former for korporlig afstraffelse. Han fyrede endda alle de ansatte, der havde slået fanger og deltaget i uddelingen af korporlig afstraffelse. Duffy gjorde et så godt stykke arbejde somat bestyrelsen gav ham en almindelig fireårig ansættelse.

Under sin ansættelse fortsatte Duffy med at gøre fremskridt i San Quentin-fængslet. Han begyndte straks at arbejde på et uddannelsesprogram for de indsatte. Han mente, at de havde brug for rigtige lærere i stedet for at lade de indsatte undervise hinanden. Han ville sikre, at hver enkelt indsat ville blive løsladt som et bedre menneske, end de var, da de kom ind.

Flere andre reformer blev gennemført i hans tid som fængselsinspektør. Duffy ændrede de indsattes brusebade fra havvand til ferskvand. Han stoppede endda med at barbere de indsattes hoveder og tvang dem til at bære nummererede uniformer. Duffy indførte også et nyt madprogram i cafeteriaet og ansatte en diætist.

Duffy mente, at de indsatte kunne rehabiliteres og skulle behandles retfærdigt. Han gik endda ubevæbnet rundt i fængselsgården og talte regelmæssigt med de indsatte. Hans personale kunne ikke tro, at han var så afslappet over for fangerne. Han behandlede disse mænd retfærdigt, samtidig med at han huskede på, at fængslet var der for at straffe, men også for at rehabilitere.

Duffy oprettede et erhvervsuddannelsesprogram i fængslet og lod de indsatte sælge bælter og tegnebøger. Duffy var også den første fængselsinspektør, der tillod de indsatte at lytte til radioer i deres celler. Duffy oprettede endda den første fængselsafdeling af Anonyme Alkoholikere. Hans kone, Gladys, lavede et ugentligt program for de indsatte. Hun var kendt som "mor" Duffy blandt de indsatte på grund af sine kloge ord ogopmuntring.

Efter 11 år som fængselsinspektør overlod Duffy San Quentin til sin første assistent, Harley Oliver Teets. Duffy fortsatte med at arbejde for voksenmyndigheden og blev senere national præsident for Seven Steps Foundation. Dette program blev skabt af en tidligere indsat i San Quentin, Bill Sands, for at hjælpe tidligere fanger, når de kommer ud af fængslet.

Clinton Truman Duffy var en af de mest beundrede fængselsadministratorer i USA's fængselshistorie på grund af hans bedrifter i San Quentin-fængslet. Duffy skrev flere bøger om sine oplevelser i San Quentin-fængslet og holdt endda foredrag mod dødsstraf ved flere lejligheder. Clinton Duffy døde i en alder af 84 år i Walnut Creek, Californien.