Isinilang si Clinton Truman Duffy noong Agosto 4, 1898 sa bayan ng San Quentin. Ang kanyang ama ay naging guwardiya sa San Quentin Prison mula noong 1894. Si Duffy ay nagpunta sa San Quentin Grammar School at nagtapos ng kanyang high school education sa San Rafael High School. Sa mga taon ng pag-aaral na ito, nagkaroon siya ng mahabang relasyon kay Gladys Carpenter na ang ama ay ang Kapitan ng Yard. Noong Disyembre ng 1921, ikinasal ang dalawa.

Sa buong World War I, nagsilbi si Duffy sa Marine Corps. Nang ma-discharge siya, nagtrabaho siya sa Northwestern Pacific Railroad at pagkatapos, isang construction company. Nang maglaon, naging Notary Public pa siya. Noong 1929, kinailangan ni Duffy na pumunta sa opisina ng Warden sa San Quentin Prison para magpanotaryo ng isang dokumento. Habang naroon, narinig niyang sinabi ni Warden Holohan na kailangan niya ng katulong. Kinuha ito ni Duffy bilang isang pagkakataon upang magkaroon ng pagkakataon na makakuha ng trabaho doon. Sinabi sa kanya ng Warden na kung gusto niya ang trabaho, maaari niyang makuha ito. Nagsumikap siya nang husto para kay Warden Holohan at inalis sa kanya ang maraming nakakapagod na tungkulin.

Noong 1935, muntik nang mapatay si Warden Holohan sa panahon ng pahinga sa bilangguan. Maraming bilanggo ang nakakuha ng mga baril at pumunta sa bahay ng Warden habang siya at ang Prison Board ay kumakain ng tanghalian. Binugbog ng mga bilanggo si Holohan na walang malay at binihag ang Prison Board. Dahil ang mga miyembro ng board ay mga bihag, ang mga bilanggo ay pinayagang magmaneho sa mga tarangkahan ng bilangguan.

Di-nagtagal pagkatapos noonsa insidente, nagretiro si Warden Holohan at pinalitan ng Warden sa Folsom Prison, Court Smith. May sariling assistant si Smith sa Folsom Prison at gusto siyang dalhin sa San Quentin kasama niya. Dahil hindi na siya kailangan bilang katulong ng Warden, inilipat si Duffy sa Lupon ng Parol bilang katulong ni Mark Noon, Kalihim ng Lupon ng mga Direktor ng Bilangguan.

Noong panahon ni Smith bilang Warden, nangyari ang mga bagay sa San Quentin hindi pagbutihin. Mayroong ilang mga pagdinig tungkol sa masamang pagkain, mga pagpatay, at pangkalahatang kalupitan sa mga bilanggo. Dahil sa malaking bilang ng mga pagsisiyasat, na-dismiss si Smith. Ang Prison Board ay nagpasya na dahil si Duffy ay ipinanganak at lumaki sa San Quentin at may higit sa 11 taong karanasan sa trabaho sa pangangasiwa ng bilangguan, may alam siya tungkol sa pamamahala ng bilangguan. Inalok nila siya ng 30-araw na pansamantalang posisyon bilang warden habang naghahanap sila ng kapalit. Siya ay pinarangalan na magkaroon ng posisyong ito.

Sa loob ng 30-araw na posisyong ito bilang warden, ginawa ni Duffy ang higit pa sa pagtiyak na mananatiling gumagana ang bilangguan. Nakita niya ito bilang isang pagkakataon na gumawa ng pagbabago sa paraan ng pagtrato sa mga bilanggo. Ang unang pagbabagong ginawa niya ay alisin ang lahat ng uri ng corporal punishment. Sinibak pa niya ang lahat ng tauhan na bumugbog sa mga bilanggo at lumahok sa pagharap ng corporal punishment. Napakahusay ng trabaho ni Duffy bilang warden kaya binigyan siya ng Board of Directors ng regular na apat na taonappointment.

Sa kanyang appointment, nagpatuloy si Duffy sa pagsulong sa San Quentin Prison. Agad siyang nagsimulang gumawa ng isang programang pang-edukasyon para sa mga bilanggo. Naniniwala siya na kailangan nila ng aktwal na mga guro para pumasok sa halip na magturo ang mga bilanggo sa isa't isa. Nais niyang tiyakin na ang bawat isa sa mga bilanggo ay mapapalaya ng isang mas mabuting tao kaysa sa kanilang pagdating doon.

Ilan pang mga reporma ang ginawa noong panahon niya bilang warden. Binago ni Duffy ang mga shower ng mga bilanggo mula sa tubig dagat tungo sa sariwang tubig. Itinigil pa niya ang pag-ahit sa ulo ng mga bilanggo at pinasuot sila ng mga numerong uniporme. Nagsimula rin si Duffy ng bagong programa sa pagkain sa cafeteria at kumuha ng dietitian.

Naniniwala si Duffy na maaaring ma-rehabilitate ang mga bilanggo at dapat tratuhin nang patas. Naglalakad pa nga siya sa buong bakuran ng bilangguan nang walang armas at regular na nakikipag-usap sa mga bilanggo. Ang kanyang mga tauhan ay hindi makapaniwala sa kanyang kadalian sa mga bilanggo na ito. Makatarungan ang pakikitungo niya sa mga lalaking ito habang isinasaisip na ang bilangguan ay naroroon para parusahan ngunit nagre-rehabilitate din.

Gumawa si Duffy ng isang vocational training program sa bilangguan at hinayaan ang mga bilanggo na magbenta ng mga sinturon at pitaka. Si Duffy din ang unang warden na pinahintulutan ang mga bilanggo na makinig ng mga radyo sa kanilang mga selda. Itinatag pa ni Duffy ang unang kabanata ng bilangguan ng Alcoholics Anonymous. Ang kanyang asawa, si Gladys, ay naglagay ng lingguhang programa para sa mga bilanggo. Siya ay kilala bilang "Nanay" Duffy saang mga bilanggo dahil sa kanyang mga salita ng karunungan at pampatibay-loob.

Pagkalipas ng 11 taon bilang warden, ibinalik ni Duffy ang San Quentin sa kanyang unang katulong, si Harley Oliver Teets. Si Duffy ay nagpatuloy sa trabaho para sa Adult Authority at kalaunan ay naging pambansang pangulo ng Seven Steps Foundation. Ang programang ito ay nilikha ng isang dating bilanggo sa San Quentin, si Bill Sands, upang tulungan ang mga dating bilanggo pagkatapos nilang makalabas sa bilangguan.

Si Clinton Truman Duffy ay isa sa mga pinakahinahangaang administrador ng bilangguan sa kasaysayan ng penal ng U.S. dahil sa kanyang mga nagawa sa San Quentin Prison. Si Duffy ay nagpatuloy sa pagsulat ng ilang mga libro sa kanyang mga karanasan sa San Quentin Prison at kahit na nag-lecture laban sa parusang kamatayan sa ilang mga pagkakataon. Pumanaw si Clinton Duffy sa edad na 84 sa Walnut Creek, California.