Clinton Truman Duffy s-a născut la 4 august 1898 în orașul San Quentin. Tatăl său era gardian la închisoarea San Quentin din 1894. Duffy a urmat cursurile școlii San Quentin Grammar School și și-a terminat studiile liceale la San Rafael High School. În timpul acestor ani de școală, a avut o relație de lungă durată cu Gladys Carpenter, al cărei tată era căpitanul curții. În decembrie 1921, cei dois-au căsătorit.

În timpul Primului Război Mondial, Duffy a servit în Corpul Pușcașilor Marini. După ce a fost lăsat la vatră, a lucrat pentru Northwestern Pacific Railroad și, ulterior, la o companie de construcții. Mai târziu, a devenit chiar notar public. În 1929, Duffy a trebuit să meargă la biroul directorului închisorii San Quentin pentru a autentifica un document. În timp ce se afla acolo, l-a auzit pe directorul Holohan spunând că are nevoie de un asistent. Duffy a luat acest lucru ca fiindocazia de a profita de o șansă de a obține un loc de muncă acolo. Directorul i-a spus că, dacă își dorea postul, îl putea avea. A muncit din greu pentru directorul Holohan și l-a scutit de multe sarcini plictisitoare.

În 1935, directorul Holohan era cât pe ce să fie ucis în timpul unei evadări din închisoare. Mai mulți deținuți au avut acces la arme de foc și au intrat în casa directorului în timp ce acesta și consiliul de administrație al închisorii luau prânzul. Prizonierii l-au bătut pe Holohan până la pierderea cunoștinței și au luat ostatici membrii consiliului de administrație al închisorii. Cu membrii consiliului ca ostatici, deținuților li s-a permis să treacă cu mașina prin porțile închisorii.

La scurt timp după acest incident, directorul Holohan s-a pensionat și a fost înlocuit de directorul închisorii Folsom, Court Smith. Smith avea propriul asistent la închisoarea Folsom și a vrut să îl aducă cu el la San Quentin. Deoarece nu mai era nevoie de el ca asistent al directorului, Duffy a fost mutat la comisia de eliberare condiționată ca asistent al lui Mark Noon, secretarul consiliului directorilor închisorii.

În timpul cât Smith a fost director, lucrurile la San Quentin nu s-au îmbunătățit. Au existat mai multe audieri cu privire la mâncarea proastă, crimele și brutalitatea generală față de deținuți. Din cauza numărului mare de investigații, Smith a fost demis. Consiliul închisorii a decis că, deoarece Duffy se născuse și crescuse la San Quentin și avea peste 11 ani de experiență de lucru în administrația închisorii, știa ceva despreI s-a oferit un post temporar de director pentru 30 de zile, până când se va căuta un înlocuitor. A fost onorat de acest post.

În cele 30 de zile în care a fost director, Duffy a făcut mai mult decât să se asigure că închisoarea rămâne operațională. A văzut în această situație o oportunitate de a schimba modul în care erau tratați deținuții. Prima schimbare pe care a făcut-o a fost să elimine toate formele de pedepse corporale. A concediat chiar și tot personalul care bătea deținuții și care participa la aplicarea pedepselor corporale. Duffy a făcut o treabă atât de bună în calitate degardian, Consiliul de Administrație i-a acordat o numire obișnuită de patru ani.

În timpul mandatului său, Duffy a continuat să facă progrese în închisoarea San Quentin. A început imediat să lucreze la un program educațional pentru deținuți. Credea că este nevoie de profesori adevărați în loc ca deținuții să se învețe între ei. Voia să se asigure că fiecare dintre deținuți va fi eliberat mai bun decât era când a ajuns acolo.

În perioada în care a fost director, Duffy a schimbat dușurile deținuților, trecând de la apă de mare la apă dulce. A încetat chiar și practica de a rade capetele deținuților și de a-i face să poarte uniforme numerotate. Duffy a instituit, de asemenea, un nou program alimentar în cantină și a angajat un dietetician.

Duffy credea că deținuții puteau fi reabilitați și că ar trebui să fie tratați în mod echitabil. El chiar se plimba prin curtea închisorii neînarmat și vorbea cu deținuții în mod regulat. Personalul său nu putea să creadă ușurința cu care se purta cu acești deținuți. Îi trata pe acești oameni cu corectitudine, ținând cont în același timp de faptul că închisoarea era acolo pentru a pedepsi, dar și pentru a reabilita.

Duffy a creat un program de formare profesională la închisoare și a permis deținuților să vândă curele și portofele. Duffy a fost, de asemenea, primul director care a permis deținuților să asculte radio în celule. Duffy a înființat chiar și prima filială a Alcoolicilor Anonimi din închisoare. Soția sa, Gladys, a organizat un program săptămânal pentru deținuți. Era cunoscută de deținuți ca "mama" Duffy datorită cuvintelor sale înțelepte și aîncurajare.

După 11 ani ca director al închisorii, Duffy a predat San Quentin primului său asistent, Harley Oliver Teets. Duffy a continuat să lucreze pentru Autoritatea pentru Adulți, iar mai târziu a devenit președintele național al Fundației Seven Steps. Acest program a fost creat de un fost deținut de la San Quentin, Bill Sands, pentru a-i ajuta pe foștii deținuți după ce ies din închisoare.

Clinton Truman Duffy a fost unul dintre cei mai admirați administratori de închisori din istoria penală a SUA, datorită realizărilor sale la închisoarea San Quentin. Duffy a scris mai multe cărți despre experiențele sale la închisoarea San Quentin și chiar a ținut în mai multe rânduri prelegeri împotriva pedepsei capitale. Clinton Duffy a murit la vârsta de 84 de ani în Walnut Creek, California.