Clinton Truman Duffy nasceu a 4 de agosto de 1898 na cidade de San Quentin. O seu pai era guarda na prisão de San Quentin desde 1894. Duffy frequentou a San Quentin Grammar School e completou o ensino secundário na San Rafael High School. Durante estes anos de escola, teve uma longa relação com Gladys Carpenter, cujo pai era o capitão do pátio. Em dezembro de 1921, os doiscasaram-se.

Durante a Primeira Guerra Mundial, Duffy serviu no Corpo de Fuzileiros Navais. Quando foi dispensado, trabalhou para a Northwestern Pacific Railroad e, mais tarde, para uma empresa de construção. Mais tarde, chegou mesmo a ser notário público. Em 1929, Duffy teve de ir ao gabinete do diretor da prisão de San Quentin para autenticar um documento. Enquanto lá estava, ouviu o diretor Holohan dizer que precisava de um assistente. Duffy interpretou isto comoO diretor disse-lhe que se ele quisesse o emprego, podia tê-lo. Trabalhou arduamente para o diretor Holohan e aliviou-o de muitas tarefas aborrecidas.

Em 1935, o Diretor Holohan quase foi morto durante uma fuga da prisão. Vários prisioneiros tinham conseguido acesso a armas e foram a casa do Diretor enquanto ele e o Conselho da Prisão almoçavam. Os prisioneiros espancaram Holohan até ficar inconsciente e tomaram o Conselho da Prisão como refém. Com os membros do Conselho como reféns, os prisioneiros foram autorizados a atravessar os portões da prisão.

Pouco depois desse incidente, o Diretor Holohan reformou-se e foi substituído pelo Diretor da Prisão de Folsom, Court Smith. Smith tinha o seu próprio assistente na Prisão de Folsom e queria levá-lo consigo para San Quentin. Uma vez que já não era necessário como assistente do Diretor, Duffy foi transferido para o Conselho de Liberdade Condicional como assistente de Mark Noon, Secretário do Conselho de Directores da Prisão.

Durante o período em que Smith foi diretor, as coisas em San Quentin não melhoraram. Houve várias audiências sobre comida estragada, mortes e brutalidade geral para com os prisioneiros. Devido ao grande número de investigações, Smith foi demitido. O Conselho da Prisão decidiu que, uma vez que Duffy tinha nascido e crescido em San Quentin e tinha mais de 11 anos de experiência de trabalho na administração de prisões, sabia alguma coisa sobreOfereceram-lhe um cargo temporário de diretor durante 30 dias, enquanto procuravam um substituto, o que o deixou muito honrado.

Durante os 30 dias em que esteve no cargo de diretor, Duffy fez mais do que apenas garantir que a prisão se mantivesse operacional. Viu nisso uma oportunidade para fazer a diferença na forma como os prisioneiros eram tratados. A primeira mudança que fez foi eliminar todas as formas de castigos corporais. Até despediu todos os funcionários que tinham batido nos prisioneiros e participado na aplicação de castigos corporais. Duffy fez um trabalho tão bom comoque o Conselho de Administração lhe concedeu um mandato regular de quatro anos.

Durante o seu mandato, Duffy continuou a fazer progressos na Prisão de San Quentin. Começou imediatamente a trabalhar num programa educativo para os reclusos. Acreditava que precisavam de professores a sério, em vez de serem os reclusos a ensinarem-se uns aos outros. Queria garantir que cada um dos reclusos sairia da prisão um homem melhor do que era quando lá chegou.

Durante o seu mandato, Duffy fez várias outras reformas: mudou os chuveiros dos reclusos de água do mar para água doce, acabou com a prática de rapar a cabeça dos reclusos e obrigou-os a usar uniformes numerados, instituiu um novo programa alimentar no refeitório e contratou um dietista.

Duffy acreditava que os reclusos podiam ser reabilitados e que deviam ser tratados de forma justa. Chegava mesmo a percorrer o pátio da prisão desarmado e a falar regularmente com os reclusos. O seu pessoal não conseguia acreditar na sua facilidade em lidar com estes reclusos. Tratava-os com justiça, tendo sempre presente que a prisão existia para punir mas também para reabilitar.

Duffy criou um programa de formação profissional na prisão e permitiu que os reclusos vendessem cintos e carteiras. Duffy foi também o primeiro diretor a permitir que os reclusos ouvissem rádios nas suas celas. Duffy chegou mesmo a criar o primeiro capítulo prisional dos Alcoólicos Anónimos. A sua mulher, Gladys, organizava um programa semanal para os reclusos. Era conhecida como a "Mãe" Duffy pelos reclusos devido às suas palavras de sabedoria eencorajamento.

Depois de 11 anos como diretor, Duffy entregou San Quentin ao seu primeiro assistente, Harley Oliver Teets. Duffy passou a trabalhar para a Adult Authority e mais tarde tornou-se presidente nacional da Seven Steps Foundation, um programa criado por um antigo recluso de San Quentin, Bill Sands, para ajudar ex-reclusos depois de saírem da prisão.

Clinton Truman Duffy foi um dos administradores prisionais mais admirados da história penal dos EUA, devido às suas realizações na Prisão de San Quentin. Duffy escreveu vários livros sobre as suas experiências na Prisão de San Quentin e chegou mesmo a dar palestras contra a pena capital em várias ocasiões. Clinton Duffy faleceu aos 84 anos de idade em Walnut Creek, Califórnia.