Clinton Truman Duffy ble født 4. august 1898 i byen San Quentin. Faren hans hadde vært vakt ved San Quentin fengsel siden 1894. Duffy gikk på San Quentin Grammar School og fullførte sin videregående utdanning ved San Rafael High School. Gjennom disse skoleårene hadde han et langt forhold til Gladys Carpenter hvis far var Captain of the Yard. I desember 1921 ble de to giftet.

Under første verdenskrig tjenestegjorde Duffy i marinekorpset. Da han ble utskrevet, jobbet han for Northwestern Pacific Railroad og etter et byggefirma. Senere ble han til og med notarius publicus. I 1929 måtte Duffy gå til Warden-kontoret i San Quentin Prison for å få et dokument attestert. Mens han var der, hørte han Warden Holohan si at han trengte en assistent. Duffy tok dette som en mulighet til å ta sjansen på å få jobb der. Vakten fortalte ham at hvis han ville ha jobben, kunne han få den. Han jobbet hardt for Warden Holohan og fritok ham fra mange kjedelige plikter.

I 1935 ble Warden Holohan nesten drept under en fengselspause. Flere fanger hadde fått tilgang til våpen og dro til vaktmesterens hjem mens han og fengselsstyret spiste lunsj. Fangene slo Holohan bevisstløs og tok fengselsstyret som gissel. Med styremedlemmene som gisler fikk fangene kjøre gjennom fengselsportene.

Kort etter dethendelsen trakk Warden Holohan seg og ble erstattet av Warden ved Folsom Prison, Court Smith. Smith hadde sin egen assistent i Folsom Prison og ønsket å ta ham med til San Quentin. Siden han ikke lenger var nødvendig som vaktmesterens assistent, ble Duffy flyttet opp til prøveløslatelsesstyret som assistent for Mark Noon, sekretær for fengselsdirektørene.

I løpet av Smiths tid som vaktmester, skjedde det i San Quentin. ikke bedre. Det var flere høringer om dårlig mat, drap og generell brutalitet mot fangene. På grunn av det store antallet undersøkelser ble Smith avskjediget. Fengselsstyret bestemte at siden Duffy var født og oppvokst i San Quentin og hadde over 11 års arbeidserfaring innen fengselsadministrasjon, visste han noe om fengselsledelse. De tilbød ham et 30-dagers vikariat som vaktmester mens de så etter en erstatter. Han var beæret over å ha denne stillingen.

I løpet av denne 30-dagers stillingen som vaktmester gjorde Duffy mer enn bare å sørge for at fengselet holdt seg operativt. Han så på dette som en mulighet til å gjøre en forskjell i måten fanger ble behandlet på. Den første endringen han gjorde var å fjerne alle former for fysisk avstraffelse. Han sparket til og med alle ansatte som hadde slått fanger og deltatt i utdelingen av fysisk avstraffelse. Duffy gjorde en så god jobb som vaktmester at styret ga ham et vanlig fireårutnevnelse.

Under utnevnelsen fortsatte Duffy å gjøre fremskritt i San Quentin fengsel. Han begynte umiddelbart å jobbe med et utdanningsprogram for de innsatte. Han mente de trengte faktiske lærere til å komme inn i stedet for at de innsatte skulle lære hverandre. Han ønsket å sikre at hver av de innsatte skulle bli løslatt en bedre mann enn de var da de kom dit.

Flere andre reformer ble gjort i løpet av hans tid som vaktmester. Duffy endret de innsattes dusjer fra sjøvann til ferskvann. Han sluttet til og med å barbere hodet til innsatte og få dem til å bruke nummererte uniformer. Duffy innførte også et nytt matprogram i kafeteriaen og hyret inn en kostholdsekspert.

Duffy mente de innsatte kunne rehabiliteres og burde behandles rettferdig. Han gikk til og med ubevæpnet gjennom fengselsgården og snakket regelmessig med de innsatte. Hans stab kunne ikke tro at han var lett med disse fangene. Han ville behandle disse mennene med rettferdighet mens han husket på at fengselet var der for å straffe, men også rehabilitere.

Duffy opprettet et yrkesopplæringsprogram i fengselet og lot de innsatte selge belter og lommebøker. Duffy var også den første vaktmesteren som lot fanger lytte til radioer i cellene sine. Duffy etablerte til og med det første fengselskapittelet til Anonyme Alkoholikere. Hans kone, Gladys, satte opp et ukentlig program for de innsatte. Hun var kjent som "mamma" Duffy tilde innsatte på grunn av hennes visdoms- og oppmuntrende ord.

Etter 11 år som vaktmester overlot Duffy San Quentin til sin første assistent, Harley Oliver Teets. Duffy fortsatte å jobbe for Adult Authority og ble senere nasjonal president for Seven Steps Foundation. Dette programmet ble opprettet av en tidligere San Quentin-innsatt, Bill Sands, for å hjelpe tidligere straffedømte etter at de kom seg ut av fengselet.

Clinton Truman Duffy var en av de mest beundrede fengselsadministratorene i USAs straffehistorie på grunn av sin prestasjoner i San Quentin fengsel. Duffy fortsatte med å skrive flere bøker om sine opplevelser i San Quentin fengsel og foreleste til og med mot dødsstraff ved flere anledninger. Clinton Duffy døde i en alder av 84 i Walnut Creek, California.